В сервисе онлайн подписания http://sign.ntssoft.ru/ реализовано пакетное подписание документов.
Т.е. теперь можно при выборе документов - просто выделить все те документы, которые необходимо, и подписать их за один раз.
При этом на выходе будет zip-архив с результатом работы сервиса.